马克思主义学院的前身为思想政治理论课教学部。2002年金陵职业大学和南京市农业专科学校合并筹建金陵科技学院。2003年学校成立二级教学单位公共基础课部，思想政治理论课教研室即归属公共基础课部管理。2007年学校将思想政治理论课教研室划归人文学院。2011年5月，为贯彻执行中宣部、教育部有关文件精神，加强思想政治理论课教学，学校设置二级教学单位思想政治理论课教学部。2016年7月，更名为马克思主义学院。

马克思主义学院承担全校学生思想政治理论课教学任务以及马克思主义理论学科建设任务，设有思想道德与法治教研室、中国近现代史纲要教研室、马克思主义基本原理教研室、毛泽东思想和中国特色社会主义理论体系概论教研室、形势与政策教研室、习近平新时代中国特色社会主义思想概论教研室等6个教研室。2019年马克思主义理论学科获批为南京市重点学科。学院现有教职工53人，其中教授3人，研究员1人，副教授20人，博士19人，省高校“青蓝工程”优秀青年骨干教师培养对象1人，校优秀青年骨干教师培养对象3人。

马克思主义学院始终坚持以人才培养为中心，着力提升教师教学能力和课程教学质量。学院紧紧围绕人才培养目标，以教改项目和课程建设为抓手，大力推进教学改革和建设，促进了思想政治理论课教学质量的不断提高。近年来，教师承担省级思政课教育教学创新项目1项，市厅级以上教改课题8项、校级教改课题7项。多项成果获得省部级、校级优秀教学成果奖。《思想道德与法治》、《中国近现代史纲要》、《马克思主义基本原理》、《毛泽东思想和中国特色社会主义理论体系概论》等4门思想政治理论课主干课程被评为校级优秀课程，其中《思想道德与法治》、《毛泽东思想和中国特色社会主义理论体系概论》被评为校级精品课程。

马克思主义学院高度重视科研工作，着力提升教师的科学研究水平。近年来，教师承担国家级、省部级研究项目14项，其中国家社会科学基金项目4项；出版学术专著12部，发表论文150余篇；4项成果获得省市哲学社会科学优秀成果奖。2012年，赵煦老师申报的项目《当代科学前沿背景下的思想实验研究》获国家社会科学基金青年项目立项，项目资助额度为15万元；2015年，邢晓红老师申报的项目《后现代性语境下思想政治教育的转型与超越研究》获国家社会科学基金一般项目立项，项目资助额度为20万元；2016年，陈光连老师申报的项目《公平视阈下荀子政治伦理及其当代价值研究》获国家社会科学基金一般项目立项，项目资助额度为20万元；2017年，桂始馨老师申报的项目《宋代方志研究》获国家社会科学基金后期资助项目立项，项目资助额度为20万元。2012年，吴锦旗老师的著作《抗战时期大学教授的政治参与研究》获江苏省第十二届哲学社会科学优秀成果奖三等奖、南京市第十一次哲学社会科学优秀成果奖一等奖；2014年，陈光连老师的著作《荀子“分”义研究》获江苏省第十三届哲学社会科学优秀成果奖二等奖、南京市第十二次哲学社会科学优秀成果奖一等奖；2016年，邢晓红老师的著作《构建与超越：思想政治教育现代性研究》获江苏省高校哲学社会科学优秀成果奖二等奖，陈光连老师的著作《知识与德性：荀子“知性”道德哲学研究》获江苏省高校哲学社会科学优秀成果奖三等奖、南京市第十三次哲学社会科学优秀成果奖三等奖；2022年，施晓花老师的《政治自由的理性反思与实践本质》、杨琴老师的《中华传统文化中的道德理念》获南京市第十六次哲学社会科学优秀成果奖三等奖；2023年，桂始馨老师的国家社科基金结项成果《宋代方志研究》获江苏省第十七届哲学社会科学优秀成果奖二等奖。

“十四五”时期，马克思主义学院将在学校党委、行政的领导下，秉持我校“厚德兴业”的校训，学习贯彻中办、国办印发的《关于深化新时代学校思想政治理论课改革创新的若干意见》，中宣部、教育部印发的《新时代学校思想政治理论课改革创新实施方案》，教育部颁发的《高等学校马克思主义学院建设标准》、《高等学校思想政治理论课建设标准（2021年本）》等文件精神，致力于马克思主义理论学科建设，致力于思想政治理论课教育教学创新实践，致力于思想政治理论课教育教学质量的提升，为学校高素质应用型人才培养、为学校创建高水平新兴应用型大学作出应有的贡献。（2023年9月更新）